Phần lớn cuộc đời gần trọn một thế kỷ của Nguyễn Bỉnh Khiêm đã trải qua ở quê nhà Trung Am (trước thời ông có tên là Trình Tuyền), Vĩnh Lại thuộc xứ Đông, cũng là đất phát nghiệp của họ Mạc. Ông chỉ bước vào chốn quan trường khi đã gần 50 tuổi, sau nhiều năm đứng ngoài quan sát thời cuộc. Đường quan lộ của ông kéo dài chưa đầy 30 năm, tính từ năm ông đậu Trạng nguyên ở tuổi 45 (1535) cho tới khi chính thức cáo quan về nghỉ hưu ở độ tuổi 73 như trong thơ văn của ông đã xác nhận. Tuy nhiên cho đến nay vẫn còn nhiều nhà nghiên cứu lịch sử và văn hóa đồng tình với một sai sót lịch sử cơ bản về cuộc đời và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm là ông chỉ có 7 năm (1535–1542) làm quan dưới triều Mạc rồi cáo quan về sống và dạy học ở quê nhà Trung Am cho đến lúc mất. Sự thật không hoàn toàn như vậy. Khoảng thời gian gần hai chục năm tính từ năm ông 53 tuổi tới lúc 73 tuổi, ông chủ yếu làm quan tại gia, đóng vai trò cố vấn từ xa cho vua và chỉ về triều khi cần bàn việc chính sự hay theo xa giá nhà vua đi dẹp loạn. Và tước hiệu Quốc công (đứng kề dưới tước Vương) được vua ban phong ngay từ lúc sinh thời[4][5][6] cho thấy Nguyễn Bỉnh Khiêm có địa vị trong xã hội đương thời Mạc ngang với một đại quý tộc chứ không phải thân phận một hàn nho thất thời bất đắc chí sớm rời bỏ chốn quan trường về quê nhà sau có vài năm tham chính như cách mô tả phổ biến trong nhiều sách báo từ trước tới nay. Điều này cho thấy nếu không có công tích đặc biệt lớn với triều đình thì một "văn nhân thuần túy" (không phải quan tướng nắm binh quyền và chưa từng đích thân cầm quân ra trận) như ông rất khó có thể được phong đến tước Quốc công (Trình Quốc công) ngay từ lúc còn sống như nội dung 3 tấm văn bia còn được lưu giữ gần như nguyên vẹn tại 2 huyện Quỳnh Phụ và Thái Thụy của tỉnh Thái Bình đã cho biết.[4][5][6] Một trường hợp khá tương tự là tấm bia hộp hay còn gọi là "sách đá" được tìm thấy khi người ta tình cờ đào phải mộ thân phụ Trạng nguyên Giáp Hải (1515–1586?) tại Bắc Giang năm 1998. Bản bia hộp hay "sách đá" này đã giúp giải đáp nhiều nghi vấn và cả hiểu nhầm (bao gồm cả ở những học giả nổi danh như Phan Huy Chú) về cuộc đời và sự nghiệp của Giáp Hải, một trọng thần của triều Mạc và đồng thời là một người bạn vong niên thân cận của Nguyễn Bỉnh Khiêm. Tấm bia hộp cũng cho ta biết được thông tin quan trọng là một "văn nhân thuần túy" như Giáp Hải chỉ được thăng đến tước Quốc công giống Nguyễn Bỉnh Khiêm khi ông đã ở gần độ tuổi cáo quan về hưu sau khi đã có nhiều năm hết lòng phụng sự triều Mạc.[7][8]

Ngày 28 tháng 11 năm Ất Dậu, niên hiệu Đoan Thái nguyên niên (1585), Nguyễn Bỉnh Khiêm tạ thế tại quê nhà ở tuổi 95, tuổi thọ hiếm có đương thời. Bấy giờ vua Mạc cử Phụ chính đại thần Ứng vương Mạc Đôn Nhượng cùng văn võ bá quan về lễ tang để tỏ sự trọng thị. Việc vua Mạc cử người được vua coi như cha về dự lễ tang đã nói lên sự trân trọng rất lớn của triều Mạc với Nguyễn Bỉnh Khiêm. Triều đình lại sai cấp ruộng tự điền trăm mẫu, đồng thời cấp ba nghìn quan tiền để lập đền thờ ông tại quê nhà. Đích thân vua Mạc đề chữ lên biển gắn trước đền thờ: "Mạc Triều Trạng nguyên Tể Tướng Từ".

Sau đó do biến động của lịch sử, ngôi đền đó không còn, sau này mới được dựng lại. Theo "Công dư tiệp ký" của Vũ Phương Đề ghi: "năm Vĩnh Hựu nguyên niên (Ất Mão 1735, đời Lê Ý Tông) người trong làng vì nhờ thị đức của tiên sinh có dựng lại trên nền nhà cũ... người hàng tổng cũng nhớ ơn đức, xuân, thu hai kỳ đến tế lễ".

Năm Mậu Thìn 1929 (niên hiệu Bảo Đại thứ 3), dân làng quyên góp tiền bạc, công sức tu tạo lại ngôi đền. Tháng 9/1985, ngôi đền được UBND Thành phố Hải Phòng chỉ đạo tu sửa, mở mang khuôn viên, sửa lại đường sá.

Năm 1991, khu di tích gắn với cuộc đời và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm tại thôn Trung Am, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, thành phố Hải Phòng đã được Nhà nước công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia.